Είναι ευρύτερα γνωστή η επιστολή που απέστειλε ο Ιωάννης Δούκας Βατάτσης στον Πάπα Γρηγόριο Θ’ το 1237. Μεσούσης της κατοχής της Κωνσταντινουπόλεως από τους Φράγκους. Απαντητική σε επιστολή της Έδρας μετά την αποτυχία των συζητήσεων για Ένωση που έλαβαν χώρα στη Βιθυνία. Σε ύφος ανάλογο και διαβεβαιώνοντας την ελληνική καταγωγή της οικογένειας του βασιλέως.
Η επιστολή ευρέθη από τον Ιωάννη Σακελλίωνα στην Μονή της Πάτμου το 1872 και εξεδόθη το ίδιο έτος στο Α’ τεύχος του περιοδικού «ΑΘΗΝΑΙΟΝ».
«Ἡ ἐπιστολή τοίνυν αὕτη ἐμφέρεται ἐν χειρογράφῳ τεύχει ὑφ’ ἡμῶν παρά τινί οἴκῳ τῶν ἐνταῦθα ἀνευρεθέντι, ὅπερ ἐστί συναπηρτισμένον ἐξ ἄλλων τε διαφόρων πονηματίων και ἐξ ἐπιστολῶν λογίων ἀνδρῶν Βυζαντινῶν τε καί νεωτέρων…»
καθώς γράφει ο Σακελλίων.
Αρχικά η επιστολή δεν μετεφέρθη ως είχε στο εξωτερικό, με αποτέλεσμα οι διεθνείς ακαδημαϊκοί να αμφιβάλλουν για τη γνησιότητά της (Un problème littéraire : l’authenticité de la lettre de Jean Vatatzès, empereur de Nicée, au Pape Grégoire IX). Τελικά επενέβη το Βατικανό το οποίο έσχε αντίγραφο της επιστολής, μάλιστα στα ελληνικά, και επιβεβαίωσε την αυθεντικότητα του χειρογράφου που εξέδωσε ο Σακελλίων.
Παρατίθενται παρακάτω τα επίμαχα χωρία, ως έχουν, της επιστολής που ξεκινά ως εξής:
«ΤΟΥ ΑΟΙΔΗΜΟΥ ΒΑΣΙΛΕΩΣ ΚΥΡΟΥ ΙΩΑΝΝΟΥ ΤΟΥ ΔΟΥΚΑ ΠΡΟΣ ΤΟΝ ΤΕ ΠΑΠΑΝ ΓΡΗΓΟΡΙΟΝ
Ἰωάννης ἐν Χριστῷ τῷ Θεῷ πιστός βασιλεύς καί αὐτοκράτωρ Ῥωμαίων ὁ Δοῦκας τῷ ἁγιωτάτῳ πάπᾳ τῆς πρεσβυτέρας Ῥώμης Γρηγορίῳ σωτηρίας καί εὐχῶν αἴτησιν…»
Ο βασιλεύς αναφέρεται με τον τίτλο του, κατά τα ειωθότα των Μακεδόνων, χωρίς το «Πορφυρογέννητος» μίας και δεν είχε γεννηθεί στα βασίλεια, αλλά στον οίκο των Λασκάρεων στην Κωνσταντινούπολη.
»…Ἐσήμαινε δέ τό τοιοῦτον γράμμα , ὅτι τε ἐν τῷ γένει τῶν Ἑλλήνων ἡμῶν ἡ σοφία βασιλεύει , καί, ὡς ἐκ πηγῆς ταύτης παναταχοῦ ρανίδες ἀνέβλυσαν· καί δέον ἐστίν ἡμᾶς, τῇ ἀπό ταύτης λαμπούμενου διακρίσει, τήν τοῦ σοῦ θρόνου μή ἀγνοεῖν ἀρχαιότητα· »
Ο Γρηγόριος στην επιστολή του είχε αναφερθεί στους Βυζάντιους ως «Graeci», κατά το σύνηθες των Λατίνων, ζητώντας χάριν της παλαιάς τους σοφίας να σεβαστούν την αρχαιότητα της Έδρας της Ρώμης. Παρατηρείται εδώ ότι ο Ιωάννης Δούκας μεταφράζει τους μεσαιωνικούς «Graeci» που του απευθύνει ο Πάπας ως Έλληνες, στα ελληνικά και όχι ως Γραικούς ή Ρωμαίους στα ρωμαίικα.
»…Εἶτα σύ μέν ἀπαιτεῖς ἡμᾶς μή ἀγνοῆσαι τόν σόν θρόνον καί τά τούτου προνόμια·
ἡμεῖς δέ οὐκ ἀνταπαιτήσομεν σε διαβλέψαι τε καί γνῶναι τόν προςόν ἡμίν δἴκαιον ἐς τήν ἀρχήν τε καί τό κράτος τῆς Κωνσταντινουπόλεως, ὅ τήν ἀρχήν μέν ἔλαβεν ἀπό τῶν χρόνων τοῦ μεγάλου Κωνσταντίνου, διά πλείστων δέ ὁδεύσαι τῶν ἀρξάντων μετ’ ἐκεῖνον ἐκ τοῦ ἠμετέρου γένους, καί ἐς ὅλην χιλιετηρίδα παραταθέν, ἄχρι καί ἡμῶν ἔφτασεν;
Αὐτίκα οἱ τῆς βασιλείας μου γενάρχαι, οἱ ἀπό το γένος τῶν Δουκῶν καί Κομνηνῶν, ἵνα μή τους ἐτέρους λέγω, τούς ἀπό γενῶν ἑλληνικῶν ἄρξαντας· οὗτοι γοῦν οἱ ἐκ τοῦ ἐμοῦ γένους, εἰς πολλάς ἐτῶν ἐκατοστύας τήν ἀρχή κατέσχον τῆς Κωνσταντινουπόλεως·»
Οι Κομνηνοί και οι Δούκες κατάγονται «ἄρξαντας» από ελληνικά γένη «για να μην πούμε και για τους άλλους», όπως γράφει ο βασιλεύς. Το γένος που ήρχε την Κωνσταντινούπολη φτάνει ως τις μέρες του και έχει λάβει αυτή από τον Μ. Κωνσταντίνο.
Αγ. Θεόδωρος Τύρων, εν πλήρει εξαρτύσει, 12ος, Μονή Πάτμου
ΑΝΕΚΔΟΤΟΣ ΕΠΙΣΤΟΛΗ ΤΟΥ ΑΥΤΟΚΡΑΤΟΡΟΣ ΙΩΑΝΝΟΥ ΔΟΥΚΑ ΒΑΤΑΤΣΗ ΠΡΟΣ ΤΟΝ ΠΑΠΑΝ ΓΡΗΓΟΡΙΟΝ, ΑΝΕΥΡΕΘΕΙΣΑ ΕΝ ΠΑΤΜΩ ΥΠΟ Ι. ΣΑΚΕΛΛΙΩΝΟΣ, Περιοδικό «ΑΘΗΝΑΙΟΝ»
Ἑλληνική Ἱστορία 
Ένα Σχόλιο Προσθέστε το δικό σας